《来自傅璞瑜的回答：》

旗舰店、专卖店和专卖店，旗舰店是正式开业的，100%正品，专卖店是政府授权的，类似于实体专卖店，基本上都是100%正品，专卖店是专门经营一类产品的，比如化妆品，但是很多品牌都可以在里面卖，所以假货的几率相当高。

《来自沈高达的回答：》

区别不大，专卖店使用比较广泛，通常是指销售某个品牌商品的商店，如:“格力专卖店”、“米奇专卖店”和“本田专卖店”；它也适用于销售某些类型商品的商店，如“化妆品商店”和“烟酒商店”。特许经营店通常用于后者，也就是说，商店经营特定范围或类别的商品，如:“一种产品的装饰‘珠海特许经营店’、‘烟酒特许经营店’、‘家用电器特许经营店’和‘电动工具特许经营店’。